Ottfried Fraisse ist seit 2019 Professor für Judaistik / Jüdische Studien am Orientalischen Institut der MLU Halle-Wittenberg und hat diesen Lehrstuhl seit 2016 vertreten. Zu seinen Forschungsgebieten gehört die mittelalterliche Aufklärung, insbesondere die jüdisch-arabische Poesie und Wissenschaft im mittelalterlichen al-Andalus, und die europäische Aufklärung der Moderne im Spiegel der Islamforschung der Wissenschaft des Judentums wie auch die jüdische Aufklärungsbewegung im modernen Nahen und Mittleren Osten („jüdische Nahda“). Ein besonderer Akzent liegt dabei auf dem Verhältnis zwischen lokalen Aufklärungsdynamiken und dem Verhältnis zu Europa. Er leitet das BMBF-Projekt „Jenseits von Konflikt und Koexistenz – Verflechtung jüdisch-arabischer Wissenskulturen“. Seit 2020 ist er Mitglied im Direktorium des IZEA und des IZP.